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如何从微量样本中提取高质量的残留DNA?
  残留DNA样品制备试剂盒从中提取宿主细胞DNA细胞系中产生的产物,如CHO,大肠杆菌,人类,Vero,毕赤酵母,NS0和MDCK。该试剂盒使用化学裂解和磁珠有效提取基因组来自不同样品类型的DNA,包括含有高蛋白和低蛋白的样品DNA浓度。从微量样本中提取高质量的残留DNA是一项挑战,尤其在样本量极少的情况下。
 

 


以下是一些常见的提取方法和优化策略,可以帮助你提高DNA提取的效率和质量:
 
  1. 选择合适的提取方法
 
  商用试剂盒:市面上有许多商用DNA提取试剂盒,它们通常已经针对微量样本进行了优化,使用时能够更高效地提取DNA。
 
  酚/氯仿法:传统的酚/氯仿提取法适用于高灵敏度DNA提取,但它可能对微量样本的提取效果不如现代试剂盒。
 
  磁珠法:磁珠法通过结合磁性珠子高效回收DNA,是目前很多高效提取微量DNA的常用方法,尤其适用于环境样本和残留DNA。
 
  2. 优化样本前处理
 
  样本预处理:对于来自复杂样本(如土壤、污水或古代遗骸)的残留DNA,样本的预处理步骤至关重要。可以通过研磨、酶解等方式帮助提取更多的DNA。
 
  去除抑制物:残留DNA中可能包含抑制PCR的物质,如有机物、金属离子等。使用适当的去污处理步骤(例如乙醇沉淀)有助于去除这些干扰物质。
 
  3. 减少DNA降解
 
  低温保存:DNA容易在环境中降解,因此提取过程中要尽量保持低温操作,使用冰浴或低温离心设备。
 
  避免过度反复冻融:冻融会导致DNA降解,尽量避免反复冻融样本。
 
  4. 优化DNA纯化步骤
 
  增加提取量:在DNA提取过程中,适当增加样本的处理量或反应体积,有助于提高提取效率。
 
  去除残留杂质:提取的DNA常常伴随有RNA、蛋白质或其他有机物,使用DNA纯化试剂盒或离心滤膜进一步纯化DNA,有助于提高最终的DNA质量。
 
  5. 敏感的检测和定量
 
  使用荧光染料:如PicoGreen或Qubit DNA定量试剂盒,可以高效地检测微量DNA的浓度,避免过量的样本影响实验结果。
 
  使用qPCR:定量PCR(qPCR)可以检测提取到的DNA的完整性和质量,确认是否有足够的DNA用于后续分析。
 
  6. 优化PCR反应
 
  选择高灵敏度的引物:使用针对微量DNA的特定引物和高效的酶系统(如高保真酶)能够提高PCR的灵敏度和准确性。
 
  延长PCR反应时间:如果提取的DNA量非常少,可以适当延长PCR反应时间,以提高扩增效果。
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