减少假阳性的概率：单拷贝基因在基因组中通常只有一个拷贝，是物种特异性的“ID"。它能有效减少多拷贝基因家族（如线粒体基因）中同源序列的干扰，有效降低不同物种间PCR交叉扩增的发生。 当然，即便您的DNA序列是单拷贝的特异性序列，也不能排除PCR交叉扩增的发生。因为即便有几个DNA碱基的差异，也还是可能PCR交叉扩增。通常，特异性的引物探针设计需要通过PCR实验来验证特异性。即便很多现行动物源性标准中的引物探针也存在交叉PCR扩增反应，需要严格控制DNA上样量和结合其他物种的检测结果来综合判断。当然，也有特异性好的引物探针设计，这个需要用户通过实验来验证。
真实反映含量（定量优势）：线粒体基因由于在不同组织细胞内的含量不一，因此无法有效作为定量检测的方法。单拷贝基因由于拷贝数与细胞数量呈严格的比例关系（1:1），单拷贝基因检测是进行动物源性成分定量分析的选择。它能相对客观反映样本中某种动物成分的相对含量，而非仅仅是“有"或“无"。科技人员可采用数字PCR的绝对定量方法来进行定量，也可以同一管中qPCR检测单拷贝的通用动物基因来判断动物源性的比列。
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